Introduction to Clinical Microbiology (3 cr)

Objectives (course unit)

The student
- is familiar with microbial structures, general properties and factors affecting their growth and reproduction.
- has a basic knowledge of disease-causing microbes and infectious diseases, as well as their prevention and treatment.
- is familiar with the general principles of microbiological analysis process and sampling and the most common microbial detection methods. -- is familiar with the legislation and licensing practices governing microbiological laboratory.
- knows how to perform Gram stain, knows its principle and purpose and can identify key findings in microscopy of staining.
- knows how to perform microbiological work safely.

Content (course unit)

Microbes, their structure, properties and classification
Concepts of clinical microbiology
Occurrence of microbes, the most common infectious diseases caused by them, their prevention and care
Taking of microbiological samples and preanalytics (general principles)
General laboratory diagnostics principles for microbe recognition
Analytical process in clinical microbiology
Principles of Gram stain, its performance, basics of interpretation, meaning for patient care, and quality assurance
Safety in microbiological work
Licence practice, infectious diseases legislation, and organization for prevention of infectious diseases in Finland

Prerequisites (course unit)

The course must be completed before the specialization courses in Bacteriology 7B00EG27 and Clinical Microbiology 7B00EG28.

Assessment criteria, satisfactory (1-2) (course unit)

The student is able to identify and define the most common microbes and infectious diseases as well as their prevention and treatment. The student is familiar with the main aspects of the microbiological analysis process and with some of the most common microbial detection methods as well as the main points of the most common microbiological samples. The student is able to control Gram staining, knows its principle and purpose and can identify some key findings in microscopy of staining. The student is able to work safely and aseptically in microbiology laboratories. The student works in the group, takes responsibility for his / her own performance, receives feedback and recognizes important practices in the field.

Assessment criteria, good (3-4) (course unit)

The student is able to explain and sort microbes and infectious diseases as well as their prevention and treatment. The student can outline the microbiological research process and the most common microbial detection methods and knows how to take the most common microbiological samples. He/she can name the legislation and licensing practices that regulate microbiological activity. The student knows how to perform Gram staining, explains its principle and purpose, and identifies findings in microscopy of staining. Students are able to work safely and aseptically in microbiology laboratories and apply the procedures they have learned. The student acts responsibly in the group and commits not only to his/her own activities but also to the activities of the group and follows important operating methods in the field.

Assessment criteria, excellent (5) (course unit)

The student understands microbes and infectious diseases and can compare their prevention and treatment. The student understands the microbiological research process and microbial detection methods and knows how to take the most common microbiological samples. He/she understands the legislation and licensing practices governing microbiological activity. The student is able to perform Gram staining, understands its principle and purpose, and identifies findings in microscopy of staining in a reliable and versatile way and is able to consider the possibilities of error. The student is able to justify his/her performance and apply his/her knowledge in practice. The student is able to work safely and aseptically in microbiology laboratories and evaluate different ways of working. The student is responsible, committed, flexible and constructive in the group. Students examine and evaluate themselves and the overall work. The student evaluates ways of working and alternative solutions.

Assessment criteria, pass/fail (course unit)

-

Location and time

2. periodi
TAMK pääkampus

Exam schedules

Näyttökoe tehdään pienryhmissä harjoitustunneilla 27.11. tai 28.11. erillisen ryhmäjaon mukaan.

Opintojakson koe EXAMissa 11.12.-20.12.
1. uusinta ja korotusmahdollisuus EXAMissa viikoilla 3-4
2. uusinta EXAMissa viikoilla 8-9

Assessment methods and criteria

Opiskelija osallistuu opetukseen (ohjatut harjoitustunnit, esitysseminaarit ja tutustumiskäynti kliinisen mikrobiologian laboratorioon pakollisia).

Ryhmätehtävä:
1/3 arvosanasta
Arvioinnissa tarkastellaan seuraavia asioita: lähteiden luotettavuus, asiasisältöjen kuvaus, esityksen havainnollisuus

Koe:
2/3 arvosanasta
Läpipääsyyn vaaditaan vähintään 50 % pisteistä.

Näyttökoe:
Näyttökokeessa mikroskopoidaan gramvärjäyslaseja (gram+/-, mikrobi, ryhmittyminen)
Arviointi hyväksytty/täydennettävä/hylätty
Hyväksytty suoritus: kaikki ryhmän jäsenet osallistuvat näyttökokeeseen aktiivisesti, vähintään 70 % oikein

Assessment scale

0-5

Teaching methods

- Luennot sisältäen teoriaopetusta, keskusteluja, ryhmätehtäviä
- Ryhmätyö ja siihen liittyvät esitysseminaarit
- Ohjattu harjoittelu opetuslaboratoriossa pienryhmissä
- Tutustumiskäynti kliinisen mikrobiologian laboratorioon
- Itsenäinen opiskelu: yleisimpien mikrobiologisten näytteiden näytteenotto opiskellaan oppikirjasta (Laboratoriotutkimusten näytteenotto, katso kohta Oppimateriaali ja suositeltava kirjallisuus)
- Pakollinen läsnäolo: johdantoluento, seminaarit, ohjattu harjoittelu opetuslaboratoriossa

Learning materials

-Moodlessa oleva materiaali
-Friman, T., Kuparinen, M., Lehto, L., Liikanen, E., & Kivisalmi, V. (2021). Laboratoriotutkimusten näytteenotto (1. painos.). Byrettikustannus avoin yhtiö, Mikrobiologinen näytteenotto s.200-260, Puhtaasti laskettu virtsanäyte s. 181-185, Ulostenäytteenotto, mikrobiologiset näytteet s. 192-195. Opiskellaan itsenäisesti yleisimpien mikrobiologisten näytteiden otto, kuuluu koealueeseen. (Saatavilla e-kirjana kirjaston kautta)
-Heikkinen. T., Järvinen. A., Meri. S., Vapalahti. O., ja Vuopio. J. (toim). 2020. Mikrobiologia. Kustannus oy Duodecim, Bakteerit s. 13-78. Virukset 479-517- Prionit 782-793. Soveltuvin osin ryhmätyömateriaalina. (Saatavilla sähköisesti Oppiportista)
-Hedman, K., Heikkinen. T., Huovinen. P. ym (toim). 2011. Infektiosairaudet. Kustannus oy Duodecim. s. 14-105 infektiosairauksien diagnostiikka + 264-303 tartuntatautien ehkäisy, torjunta, seuranta + 770-857 rokotukset. Soveltuvin osin ryhmätyömateriaalina. (Saatavilla sähköisesti Oppiportista)
-Karhumäki, E., Jonsson, A., & Saros, M. (2021). Mikrobit hoitotyön haasteena (5., uudistettu painos.). Edita. Soveltuvin osin ryhmätyömateriaalina. (Saatavilla e-kirjana kirjaston kautta)

Student workload

Opintojakson laajuus 3 opintopistettä vastaa noin 81 tuntia opiskelijan työtä (1 op = 27 h):

Lähiopetus 10 h
Harjoitustunnit 12 h/ryhmä
Esitysseminaarit 8 h
Tutustuminen kl. mikrobiologian laboratorioon 2h
Koe 3h
Itsenäinen työskentely (sis. ryhmätehtävä ja yleisimpien mikrobiologisten näytteiden näytteenoton itsenäinen opiskelu) 46 h

Practical training and working life cooperation

Opintojakso sisältää harjoittelua TAMKin opetuslaboratoriossa.

Further information

Opintojakson ohjeet ja materiaalit löytyvät Moodlesta.

Pakollinen läsnäolo: johdantoluento, seminaarit, ohjattu harjoittelu opetuslaboratoriossa, tutustumiskäynti kliinisen mikrobiologian laboratorioon.

Opintojakso tulee olla suoritettu ennen Bakteriologian 7B00EG27 ja Kliinisen mikrobiologian erityisalueet 7B00EG28 -opintojaksoja.