Bacteriology (3 cr)

Objectives (course unit)

The student
- is able to collect representative bacteriological samples safely and reliably and to supervise other people in collecting the samples
- knows the preanalytical requirements and clinical relevance of bacteriological samples
- is able to consider and ensure the validity of bacteriological samples
- is familiar with the devices, equipment, and analytical methods used in bacteriology
- is able to perform reliable basic bacteriology analyses and understands the fundamentals of their operation
- can maintain and promote safe working methods in bacteriology
- knows microbes, infectious diseases and their prevention and treatment and is able to integrate this knowledge in evaluating and reporting results
- knows the most common antimicrobics, and their influence and resistance mechanisms
- is familiar with the reporting and registration practice of infectious diseases
- implements and promotes quality assurance in clinical microbiology
- is interested in developing his/her competence

Content (course unit)

Analytical process in bacteriological laboratory, devices, equipment, and analytical methods
Collection and preanalytics of bacteriological samples
Identification methods of bacteria and their selection
Safety and quality assurance in bacteriology
Reporting and registration of infectious diseases
Clinical relevance of bacteriological findings
Antimicrobics, their influence and resistance mechanisms

Prerequisites (course unit)

The student must have passed Introduction to Clinical Microbiology 7B00EG26 before the course.

Assessment criteria, satisfactory (1-2) (course unit)

The student
- can identify preanalytical requirements for clinical microbiology samples and knows the most common sample collections, equipment and basic tests
- can collect basic samples of clinical bacteriology safely, following instructions
- is able to conduct basic clinical bacteriology analysis in accordance with the instructions
- is able to identify the most common bacteria macroscopically and to select further tests if necessary
- is able to define the principles of bacteriological diagnostic methods and the criteria for method selection as well as the clinical significance of the studies
- is able to define some principles of quality control of methods and to identify occupational safety factors
- prepares for practice lessons / assignments
- takes responsibility for his/her own performance and participates in teamwork
- participates in the tasks assigned to the group and identifies important practices in their field
- receives feedback

Assessment criteria, good (3-4) (course unit)

The student
- can explain the preanalytical requirements for clinical microbiology samples, the most common sample collections, equipment and basic tests
- can collect basic samples of clinical bacteriology reliably and safely and can guide others in sample collection
- conducts the basic clinical microbiology studies safely and applies the acquired knowledge in performing the tests
- is able to identify bacteria macroscopically, select the necessary sequencing studies and justify their choice
- is familiar with the principles of bacteriological diagnostic methods, the criteria for method selection and the clinical significance of the studies
- can outline the quality management of the methods
- works carefully and reliably
- can apply and evaluate what they have learned and evaluate their performance
- takes responsibility and commits not only to his/her own activities but also to the group's activities
- gives and receives feedback and follows important industry practices

Assessment criteria, excellent (5) (course unit)

The student
- is able to understand and explain the preanalytical requirements for clinical microbiology samples, the most common sample collections, equipment and basic tests
- is able to collect samples of clinical bacteriology reliably and safely, can guide others in sample collection and can justify their choices
- conducts the basic clinical microbiology studies safely and reliably and applies the acquired knowledge in performing the tests
- is able to identify clinically significant bacteria macroscopically, select the necessary sequencing studies and evaluate various alternatives
- understands the principles of bacteriological diagnostic methods and criteria for method selection, as well as the clinical significance of the studies
- is able to evaluate and implement quality management of methods
- works carefully, systematically and reliably
- is able to explore different working methods and alternative solutions
- develops his/her own professional competence in a goal-oriented and versatile manner
- works responsibly, constructively and with commitment as a member of the group

Assessment criteria, pass/fail (course unit)

-

Exam schedules

Varsinainen koe avoinna Moodlessa: 27.11 - 3.12.2023
1. uusinta: tammikuu -24
2. uusinta: helmikuu -24

Assessment methods and criteria

Opintojaksosta on kirjallinen koe (arvioidaan numeerisesti) ja harjoitustunneista raportti, joka arvioidaan hyväksytty/ hylätty

Assessment scale

0-5

Teaching methods

Verkko/ etäluennot
Itsenäinen opiskelu
Harjoitustunnit/ laboraatiot mikrobiologin luokassa

Learning materials

1.Heikkinen, T., Järvinen, A.; Meri, S., Vapalahti, O. ja Vuopio, J. (toim) 2020. Mikrobiologia, Mikrobiologia, immunologia ja infektiosairaudet 1. Duodecim (varalla vanhempi painos:Hedman, K., Heikkinen, T., Huovinen, P., Järvinen, A., Meri, S., Vaara, M. (toim) 2010. Mikrobiologia. Mikrobiologia, immunologia ja infektiosairaudet, kirja 1. Duodecim. WS Bookwell Oy. Jyväskylä.)
3. Hedman, K., Heikkinen, T., Huovinen, P., Järvinen, A., Meri, S., Vaara, M. (toim) 2010. Infektiosairaudet. Mikrobiologia, immunologia ja infektiosairaudet, kirja 3. Duodecim. Bookwell Oy. Porvoo.
4. FiRe-standardi - Bakteerilääkeherkkyyden määrittäminen kiekkomenetelmällä. http://www.finres.fi/index.php?id=34
5. Moodle- oppimisympäristössä kurssi Bakteriologia

Student workload

Ks Moodle

Content scheduling

12 t luentoja
18 t harjoitustunteja
2 t koe
50 t itsenäistä opiskelua

Completion alternatives

AHOT

Practical training and working life cooperation

Harjoittelu opetuslaboratoriossa 18-20 t/ opisk.

International connections

-

Further information

Kl mikrobiologian perusteet ja bakteriologian opintojaksot ovat edellytyksiä kl. mikrobiologian harjoittelujaksolle

Assessment criteria - fail (0) (Not in use, Look at the Assessment criteria above)

Opiskelija
- ohjeistusta seuratenkaan ei osaa ottaa kliinisen bakteriologian perusnäytteitä turvallisesti, ei tunnista välineitä eikä tiedä preanalyyttisistä virheistä
- tekee turvallisuutta vaarantavia virheitä tai ei osallistu opintojaksolla tehtävien kliinisen mikrobiologian perustutkimusten tekoon
- tutkimusten teoreettisen taustan osaamisessa vakavia puutteita
- ei ole valmistautunut harjoitustunneille/annettuihin tehtäviin
- ei ota vastuuta omasta suoriutumisestaan ja ryhmässä toimimisesta
- ei osallistu annettuihin tehtäviin ryhmässä, ei tunnista omalle alalle tärkeitä toimintatapoja
- ei pysty ottamaan vastaan palautetta toiminnastaan

Assessment criteria - satisfactory (1-2) (Not in use, Look at the Assessment criteria above)

Opiskelija
- osaa nimetä kliinisen mikrobiologian näytteiden preanalyyttiset vaatimukset, tavallisimmat näytteenotot, välineet ja perustutkimukset
- osaa ohjeistusta seuraten ottaa kliinisen bakteriologian perusnäytteet turvallisesti
- osaa suorittaa työohjeiden mukaisesti opintojaksolla tehtävät kliinisen mikrobiologian perustutkimukset turvallisesti
- osaa tunnistaa yleisimpiä bakteereita makroskooppisesti ja valita tarvittavat jatkotutkimukset
- osaa määritellä bakteriologian diagnostiikan menetelmien periaatteet ja menetelmävalintojen perusteita sekä tutkimusten kliinistä merkitystä
- osaa määritellä joitain ko. menetelmien laadunhallinnan periaatteita ja tunnistaa työturvallisuustekijöitä
- valmistautuu harjoitustunneille/annettuihin tehtäviin
- ottaa vastuun omasta suoriutumisestaan ja toimii ryhmässä
-osallistuu annettuihin tehtäviin ryhmässä ja tunnistaa omalle alalle tärkeitä toimintatapoja
-vastaanottaa palautetta

Assessment criteria - good (3-4) (Not in use, Look at the Assessment criteria above)

Suomeksi
Opiskelija
- osaa selittää kliinisen mikrobiologian näytteiden preanalyyttiset vaatimukset, tavallisimmat näytteenotot, välineet ja perustutkimukset
- osaa ottaa luotettavasti ja turvallisesti kliinisen bakteriologian perusnäytteet ja ohjata muita näytteiden ottamiseen
- osaa suorittaa opintojaksolla tehtävät kliinisen mikrobiologian perustutkimukset turvallisesti sekä soveltaa oppimaansa tutkimusten suorittamisessa
- tunnistaa bakteereita makroskooppisesti ja osaa valita tarvittavat jatkotunnistustutkimukset sekä perustella valintansa
- tuntee bakteriologian diagnostiikan menetelmien periaatteet ja menetelmävalintojen perusteet sekä tutkimusten kliinistä merkitystä
- jäsentää menetelmien laadunhallintaa
- työskentelee huolellisesti ja luotettavasti
- osaa soveltaa ja arvioida oppimaansa sekä arvioida suoritusta
- ottaa vastuuta ja sitoutuu oman toiminnan lisäksi myös ryhmän toimintaan
- antaa ja vastaanottaa palautetta ja noudattaa alalle tärkeitä toimintatapoja

Assessment criteria - excellent (5) (Not in use, Look at the Assessment criteria above)

Opiskelija
- ymmärtää ja osaa perustellen selvittää kliinisen mikrobiologian näytteiden preanalyyttiset vaatimukset, tavallisimmat näytteenotot, välineet ja perustutkimukset
- osaa ottaa luotettavasti ja turvallisesti kliinisen bakteriologian näytteet ja ohjata muita näytteiden ottamiseen ja perustella valintojaan
- osaa luotettavasti ja turvallisesti suorittaa opintojaksolla tehtävät kliinisen mikrobiologian perustutkimukset ja soveltaa oppimaansa tutkimusten suorittamisessa
- tunnistaa makroskooppisesti kliinisesti merkittäviä bakteereita ja osaa valita tarvittavat jatkotunnistustutkimukset sekä arvioida erilaisia vaihtoehtoja
- hallitsee ja ymmärtää bakteriologian diagnostiikan menetelmien periaatteet ja menetelmävalintojen perusteet sekä tutkimusten kliinisen merkityksen
- osaa arvioida ja toteuttaa menetelmien laadunhallintaa
- työskentelee huolellisesti, suunnitelmallisesti ja luotettavasti
- osaa etsiä erilaisia toimintatapoja ja ratkaisuvaihtoehtoja
- kehittää omaa ammatillista osaamistaan tavoitteellisesti ja monipuolisesti
- toimii vastuullisesti ja sitoutuneesti sekä rakentavasti ryhmän jäsenenä