Basics of Clinical Microbiology (3 cr)

Objectives (course unit)

Students
- know the basic concepts of clinical microbiology
- know microbes and their structure, properties and classification
- know infectious diseases, factors affecting their emergence, prevention and care
- know the common principles of taking clinical microbiology specimen
- know phases of clinical microbiology research and basics of diagnosing microbes
- recognize factors affecting safety in microbiological laboratory work and their own activity
- know Gram stain as a basic method in bacteriology
- can make preparations for Gram stain and know basics of microscopy, and interpretation, meaning, and use of Gram stains and factors affecting their reliability
- know legislation concerning microbiology and the permissions needed

Content (course unit)

Microbes, their structure, properties and classification
Concepts of clinical microbiology
Appearance of microbes, the most common infectious diseases caused by them, their prevention and care
Taking of microbiological samples and preanalytics (general principles)
General laboratory diagnostics principles for microbes
Research process in clinical microbiology
Principles of Gram stain, its completion, basics of interpretation, meaning for patient care, and quality assurance
Safety in microbiological work
Licence practice, infectious diseases legislation, and organization for prevention of infectious diseases in Finland

Prerequisites (course unit)

Basics of Aseptic Work has to be passed (7B00BB73) before participation.
The course includes clinical training in the university of applied sciences’ teaching laboratory

Location and time

ti 24.3 klo 8.30-11.45
to 26.3. klo 8.30-10
ti 31.3. klo 8.30-10
to 2.4. klo 8.30-10
pe 3.4. klo 14.15-15.45
ma 6.4. klo 10.15-11.45/ 12.30-14 ???
ke 8.4. klo 8.30-10
Opintopiirit
purku (Marja Sjoelle) 24.4.2020 klo 10-18.?? Vaihtoehtoisesti Tabulassa

Exam schedules

Varsinainen koe
Uusintakokeet elokuussa ja syyskuussa 2020

Evaluation methods and criteria

Opiskelija osallistuu opetukseen (laboraatiot ja seminaarit pakollisia). Annettujen tehtävien arviointi numeerisesti (1/3 arvosanasta). Varsinainen koe (2/3 arvosanasta) 1. suorituskerta varsinainen ryhmän sovittu koepäivä, mahdolliset uusinnat Examissa.

Assessment scale

0-5

Teaching methods

-verkko/etäluento lukujärjestyksen mukaisesti
- itsenäinen opiskelu: Käsitteet, annettu kirjallisuus
- ryhmätyö infektiotaudeista
- tiimiopiskelu opintopiirit
- esitysseminaarit tai Tabulassa korvaava
- laboraatiotunnit

Learning materials

- Hedman, K., Heikkinen. T., Huovinen. P. ym (toim). 2010. Mikrobiologia. Kustannus oy Duodecim, s. bakteerit 14-82, virukset 432-466. Soveltuvin osin ryhmätyömateriaalina.
- Hedman, K., Heikkinen. T., Huovinen. P. ym (toim). 2011. Infektiosairaudet. Kustannus oy Duodecim. s. 14-105 infektiosairauksien diagnostiikka + 264-303 tartuntatautien ehkäisy, torjunta, seuranta + 770-857 rokotukset. Soveltuvin osin ryhmätyömateriaalit
Luentomateriaalit

Student workload

Ks. toteutussuunnitelma

Content scheduling

Opintojakson tavoitteet, toteutus.
Mitä on kliininen mikrobiologia? Mikrobiologian merkitys. Tehtävien jako
Tartunta, mikrobiologinen diagnostiikka ja näytteiden otto.
Mikrobiologisen työskentelyn turvallisuus
Gram-värjäyksen periaate, suoritus ja tulkinta
Tunnistusseminaari
Tehtävien esitykset
Käsitteiden kertaus
Koe
Laboraatiot 4 t Gram-värjäyksen teko ja mikroskopointi
3 t Gram-värjäyksen mikroskopointi

Completion alternatives

AHOT

Practical training and working life cooperation

-

International connections

-

Further information

Kirjoista opiskeltavat osiot:
A
Bakteerisolun rakenne ja toiminta
Bakteerien luokittelu ja tyypittäminen
Bakteerien virulenssitekijät (68 s)
B
Virusinfektioiden patogeneesi
Virusten yleiset ominaisuudet, rakenne ja luokittelu
Virusten lisääntyminen (34 s)
Tartuntatautien ehkäisy, torjunta ja seuranta (39 s)
C
Infektiosairauksien diagnostiikka (91 s)
D
Rokotukset (87 s)

Assessment criteria - satisfactory (1-2) (Not in use, Look at the Assessment criteria above)

Opiskelija tietää tyydyttävästi kl. mikrobiologian peruskäsitteet, tuntee joitain mikrobeja, niiden rakennetta, ominaisuuksia ja luokitusta, tietää infektiotauteja, niiden syntyyn vaikuttavia tekijöitä, ehkäisyä ja hoitoa, tietää kliinisen mikrobiologian näytteiden oton yleisperiaatteet
Opiskelija tuntee pintapuolisesti mikrobiologisen tutkimusprosessin vaiheet ja mikrobien osoitusmenetelmien perusteet, tunnistaa mikrobiologisen työskentelyn turvallisuuteen vaikuttavia tekijöitä ja omaa toimintaansa, tuntee Gram-värjäykseen bakteriologian perusmenetelmänä, osaa ohjatusti Gram-värjäyspreparaatin teon ja mikroskopoinnin perusteet sekä tuntee perusasiat Gram-värjäyksen tulkinnasta, merkityksestä, käyttöalueista ja tulosten luotettavuuteen vaikuttavista tekijöistä
Opiskelija tuntee mikrobiologista toimintaa säätelevän lainsäädännön ja luvanvaraisuuden

Assessment criteria - good (3-4) (Not in use, Look at the Assessment criteria above)

Opiskelija tietää tietää kl. mikrobiologian peruskäsitteet, tuntee mikrobeja, niiden rakennetta, ominaisuuksia ja luokitusta, tietää infektiotauteja, niiden syntyyn vaikuttavia tekijöitä, ehkäisyä ja hoitoa, tietää kliinisen mikrobiologian näytteiden oton yleisperiaatteet
Opiskelija tuntee mikrobiologisen tutkimusprosessin vaiheet ja mikrobien osoitusmenetelmien perusteet, tunnistaa mikrobiologisen työskentelyn turvallisuuteen vaikuttavia tekijöitä ja omaa toimintaansa, tuntee Gram-värjäykseen bakteriologian perusmenetelmänä, osaa Gram-värjäyspreparaatin teon ja mikroskopoinnin perusteet sekä tuntee Gram-värjäyksen tulkintaa, merkitystä, käyttöalueita ja tulosten luotettavuuteen vaikuttavia tekijöitä
Opiskelija tuntee mikrobiologista toimintaa säätelevän lainsäädännön ja luvanvaraisuuden

Assessment criteria - excellent (5) (Not in use, Look at the Assessment criteria above)

Opiskelija tietää kiitettävästi kl. mikrobiologian peruskäsitteet, tuntee mikrobeja, niiden rakennetta, ominaisuuksia ja luokitusta, tietää infektiotauteja, niiden syntyyn vaikuttavia tekijöitä, ehkäisyä ja hoitoa, tietää kliinisen mikrobiologian näytteiden oton yleisperiaatteet
Opiskelija tuntee erittäin hyvin mikrobiologisen tutkimusprosessin vaiheet ja mikrobien osoitusmenetelmien perusteet, tunnistaa mikrobiologisen työskentelyn turvallisuuteen vaikuttavia tekijöitä ja omaa toimintaansa, tuntee Gram-värjäykseen bakteriologian perusmenetelmänä, osaa itsenäisesti Gram-värjäyspreparaatin teon ja mikroskopoinnin perusteet sekä tuntee Gram-värjäyksen tulkintaa, merkitystä, käyttöalueita ja tulosten luotettavuuteen vaikuttavia tekijöitä
Opiskelija tuntee hyvin mikrobiologista toimintaa säätelevän lainsäädännön ja luvanvaraisuuden